El  balonmano en Santoña, comienza en los años  60 en el Instituto Manzanedo  de la mano del profesor de Educación Física ,José Antonio Prada. De este Instituto, salieron equipos que posteriormente jugaron las competiciones provinciales en categorías Cadetes y juveniles, que fueron el embrión del primer equipo Senior en Santoña con el nombre de Santoña OJE.

Este equipo que participo durante varios años en las competiciones provinciales junto con un equipo Juvenil. A la desaparición de este Club, los jugadores buscaron patrocinio, y lo encontraron en algo tan atípico con el deporte, como la Peña Taurina, nombre, con el que jugaron varias temporadas en categoría Senior y Juvenil, hasta  la temporada 1978-1979.

El año 1979 nace como entidad el Club Balonmano Santoña , de la mano de Jose Mari Sobrino y José Miguel Zorrilla siendo este último el primer presidente. Se participa en dos categorías, Senior y Juvenil. Este Club participaba en la liga de Segunda Regional , puesto que en Cantabria había dos categorías  Territoriales Senior y una juvenil, en la también participaba este Club. Después de militar varios años en esta categoría, ascendió a Primera Regional donde se mantuvo hasta su transformación en la actual 2ª División Territorial Masculina.

Durante los años 80 El Club Balonmano Santoña, creó la  Escuela  de Balonmano,  la cual estaba compuesta por equipos alevines, infantiles, cadetes y juveniles masculinos. Posteriormente,  se incorporarían también equipos femeninos en categoría cadete y juvenil, llegando a estar constituido este Club en su momento mas álgido por mas de 150 practicantes de este deporte en las diferentes categorías.

Desde su fundación el Club Balonmano Santoña ha aportado jugadores a las competiciones nacionales. Recordar a José Fernández como pionero en 1ª División  Nacional con la Escuela de Maquinas de Ferrol, abriendo la puerta a otros históricos como José María Peña Herrería (Chema) quien militó en el Teka y en el Karhu; Juanchi Barrotabeña quien se proclamó campeón de Europa con el Teka  de Santander; o Bruno Peña jugador de  División de Honor en varios equipos en  Alemania y posteriormente en el Baracaldo, también en División de Honor.

Este Club ha permanecido en competición hasta la temporada 2006-2007, no participando hasta la temporada 2010-2011 en la que se clasifico en 5º lugar en el campeonato de 2ª División Nacional Autonómica. 

En la temporada 2010-2011 se clasificó en 5º lugar en el campeonato de 2ª División Nacional Autonómica.
En la temporada 2015/2016 el ACV BM Santoña rozó la fase de ascenso al quedar tercero en la clasificación general, con los mismos puntos que el BM Torrelavega campeón y el BM Carabanchel segundo clasificado, ambos equipos lograron el ascenso a la división de plata del balonmano nacional al lograr ganar sus sectores

En la temporada 2016-2017 se consiguió proclamarse campeón del grupo B de la 1ª estatal de balonmano y disputar la fase de ascenso a División de Honor Plata.